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防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。

高温烧菌培养室温度太高，杂菌易生长；发菌期菌袋内温度升至32弋以上，没及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉等杂菌严重感染。培菌时有两个升温关键期，一是菌种萌发覆盖料面后的迅速生长期；二是早春气温迅速升高。高温烧菌后，病害症状没及时表现出来，但由于灵芝菌丝受损严重，芝棒割袋下地后，病害很快爆发。芝棒菌丝体成熟度不足灵芝菌丝体成熟度不足，菌丝体抗性弱，芝棒下地、菌袋剪口后仍易感染杂菌。阳光暴晒菌袋菌袋覆土后，日照强烈，迅速升温，芝棚遮阳度小（甚至没有遮阳），致使菌袋菌丝体被太阳暴晒受损后感染杂菌。芝棒下地后灌水由于是不完全脱袋栽培，芝棒下地后灌水，菌木表面及菌袋内的水份不能很快从袋内蒸发出来，过高的土壤水份会切断段木菌丝的氧气供给，致使芝棒呼吸不畅窒息死亡后感染杂菌。